自然国学对于现代科技的影响只是其中的一方面，现实中对于自然国学的讨论更多的是质疑之声。在6月14日举行的首届全国自然国学学术研讨会上，不少与会专家都不避讳这个尴尬的问题。
清华大学国学研究院院长 、中国哲学史学会会长陈来在谈到自然国学存在的问题时说，比如现在社会上流行的国学班，可能会学《论语》、《孟子》，但肯定不会学《九章算术》。“这从一个侧面说明了，相比于人文方面，自然国学在现实中的地位比较低。”陈来告诉记者。
民间科学不等于伪科学
除了自然国学本身的地位低，在日常生活中自然国学尤其是中医引起的争议也非常大，这其中，最为出名的是打通任督二脉之说。
2012年5月23日，甘肃卫生厅称，41名甘肃医务人员打通了任督二脉。甘肃省卫生厅厅长刘维忠称打通任督二脉可令身体更健康。此事件随后引起社会热议。2012年5月31日，卫生部新闻发言人作出回应，对甘肃医务人员打通“任督二脉”一事表示，甘肃举行培训班，目的是使医务人员了解和掌握更多的中医知识和方法。同时 ，在学术层面，国家鼓励开展学术争鸣。
而太极推手闫芳的隔空打人做法则在一定程度上使得自然国学在大众心目中成了忽悠之学。2012年10月10日，因“隔空打人”受热议的闫芳被李经梧后人开除山门，“隔空打人”也被定性为伪科学。
对此，中国科学院自然科学史所研究员宋正海承认，当前民间科学的确存在着良莠不齐的现象，但这正是需要规范的地方。
“一些看起来稀奇古怪的学说为什么能产生并影响很多人，还是说明有市场，但同时我们也要意识到，民间科学还是有自己的智慧在里面，应该允许其存在和发展，我们要做的是要对其进行约束和规范。”早在2006年，宋正海就发起过一场“废除伪科学”的学者签名活动，希望为民间科学松绑。
早在2001年，中国社会科学院哲学所研究员刘长林，中国大百科全书出版社编审、顾问孙关龙，中国科学院自然科学史所研究员宋正海等十位学者联合签署了《自然国学宣言》，向世人宣示他们致力于自然国学研究的努力与信心。12年的时间里，对于自然国学的发展虽然取得了长足进步，但依然不为大众所熟知认可。
易经不是算命看风水
以备受争议的易经为例，当今社会上大部分人将易学应用于看风水、算命上，而这容易让人将它跟带有迷信色彩的方术一流相提并论。
北京师范大学易学文化研究中心主任、教授张涛告诉记者，根据一部《易经》，现在易学的研究方向有很多，总的来说有精英易学、民间易学之别，分“学院派”和“江湖派”两大类。学院派以院校、科研机构的研究人员为主，而江湖派则由民间的易学研究者组成，所以有迷信的东西在里面在所难免。
中国风水文化申遗筹备委员会主任张栋杰之前也曾提到，“风水肯定有迷信，5000年的历史没有迷信的东西也不现实。但其顽强存在到现在，也有其合理的科学因素在其中。关键是如何发展与规范风水。”
张涛说，《易经》肯定是有其科学道理的，我国著名哲学家冯友兰教授曾说，《易经》是宇宙代数学，《易经》中很多思想对于很多科学发现都有启示。
比如，爱因斯坦文集曾有“令人惊奇的倒是这些发现(在中国的易经)全都做出来了”的感佩之言。
但张涛坦言，易学要想更好地发展，首先要能很好地理解易学的精髓。“有些人提到《易经》就会联想到算命打卦，而真正的《易经》文化博大精深，是可以运用其中的智慧来洞彻人生、经营人生的，而有些仅仅限于工具、被工具所左右的人，永远不可能成为真正的智者。”
据张涛透露，下一步北京师范大学将要成立中国易学文化研究院，“一方面从理论上对《易经》里面的内容进行把握，另一方面也要试图应用到现代社会中来。